Як і будь-яка медична процедура, озонотерапія має низку абсолютних та відносних протипоказань.
Абсолютні:

• підвищення рівня тиреоїдних гормонів (гіпертиреоз);
• низька кількість тромбоцитів у крові (тромбоцитопенія);
• кровотечі;
• алкогольна інтоксикація організму;
• алергічна реакція на озон;
• інфаркт міокарда у гострій фазі;
• психічні розлади;
• судоми.

Серед відносних протипоказань: високий або надто низький артеріальний тиск; утруднений венозний доступ.